农业农村部沼气科学研究所于1979年经国务院批准成立，是中国唯一专业从事沼气科学研究的国家级科研机构。

全所在职职工180余人，其中，正高级职称19人、副高级职称32人。研究所有在读研究生50余人，在站博士后4人，有全国农业科研杰出人才2人，四川省学术与技术带头人2人，四川省“天府青城计划”创新领军人才1人、天府科技菁英2人，中国农业科学院“农科英才”各类人选6人。

研究所拥有联合国粮农组织（FAO）沼气技术研究培训参考中心、科技部沼气技术国际科技合作基地、农业农村部农村可再生能源开发利用重点实验室等平台20个。建有世界先进、国内规模最大的厌氧微生物菌种资源保藏库—中国厌氧微生物菌种保藏管理中心（CCAM）。

主要职能是厌氧微生物资源收集、整理、保存、评价等长期性基础性研究；农业农村三大污染源共性关键技术研究；农村生物质能与人居环境配套宏观战略及政策理论研究；农村沼气与生物天然气国家（行业）标准制修订；规划编制、技术推广与示范应用；国际、国内技术培训与国际合作。

建所以来，先后承担国家863、973、重大专项、科技支撑和国家自然科学基金等科研项目100余项，取得专利授权300余项，发表科研论文800余篇，制修订国家和行业标准56项，获得国家科技进步二等奖2项、三等奖2项，四川省和农业部科技进步一等奖4项、二等奖6项。