农业农村部环境保护科研监测所成立于1979年，2002年获批为非营利性科研机构。研究所重点围绕农田污染防治、农业环境监测与预警、生态循环农业和乡村生态环境治理四大学科领域重大科技问题，努力把研究所建设成为国际一流、国内领先的农业农村环境保护和监测科技创新中心、技术交流与转化中心和高层次人才培养中心，为我国现代农业发展和乡村振兴战略实施提供科技支撑。

建所以来，先后承担了国家及省部级各类重点科研项目等600余项，取得成果750余项。在国内外学术刊物发表论文2000余篇，主编或副主编出版著作90余部。全所正式职工129人，包括正高级专家28人，副高级专家56人；离退休职工94人；目前共有博士生导师18名，硕士生导师48名。科技人才包括国务政府特殊津贴专家2人，国家优秀高层次人才1人，全国农业科研杰出人才2人，天津市有突出贡献专家1人、农业农村部有突出贡献中青年专家1人、现代农业产业技术体系岗位专家2人，天津市“131”创新型人才团队2个、天津市及中国农业科学院各类人才17人。

全所拥有省部级实验室4个，工程中心2个，部级质检中心2个，省部级野外科学观测站、实验基地及引智基地5个，国际联合实验室3个，国家农业科技创新联盟2个，最高人民法院入册机构1个，主办期刊2个。