中国农业科学院上海兽医研究所（以下简称研究所）是具有独立法人资格的国家公益性科研事业单位。

建所以来，研究所紧密围绕国家重大需求，针对严重危害畜牧业生产的畜禽疫病和人畜共患病，开展前瞻性、关键性的预防控制技术及基础理论研究，为畜牧业发展和人畜健康提供科技支撑。研究所的主要研究领域是开展动物传染病、动物寄生虫病、动物药物、动物源性食品安全和动物生物安全研究。研究所的主要方向任务是：以血吸虫病和水禽疫病等南方重要畜禽疫病及人畜共患病为主的基础、应用基础研究；动物生物安全共性基础理论和共性防控技术研究；重要畜禽疫病和人畜共患病防控技术和产品开发；动物生物安全风险评估及高级别动物生物安全实验室建设、运行管理；动物病原微生物收集、保藏和利用；重要畜禽疫病和人畜共患病防控、动物生物安全保障技术推广与咨询服务。

建所以来获各项科研成果奖励68项，其中国家级2项；获得国家发明专利129项，其中获得国外授权专利3项；获得国家各类新兽药证书15项，其中一类新兽药证书3项；出版专著76部，发表论文2813余篇，其中SCI收录论文965篇。

研究所连续四届被卫生部、农业农村部、水利部授予全国血防先进集体称号，是第五届、第六届全国文明单位和历届上海市文明单位、中国农业科学院文明单位。