中国农业科学院深圳农业基因组研究所（以下简称“基因组所”），创建于2014年，是农业农村部，中国农科院和深圳市在科技体制改革的背景下，整合农业基因组学研究力量在深圳成立的新型研究所。

成立以来，基因组所深入贯彻落实习近平总书记“四个面向、两个一流”指示精神，开展科研自主权改革试点工作，被列为中国农科院现代院所改革的“试验田”，建设了由中国农科院与深圳市主管领导任共同理事长的理事会；组建了近1000人的研究队伍；形成了以组学技术为核心、辐射农业、食品和生态方向的学科体系，获批“岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心”“农业农村部农业基因数据分析重点实验室”等创新载体；在包括Science、Nature、Cell等顶级期刊在内的杂志上发表SCI论文450多篇，以基因组设计育种育成国审、省审新品种30余个，农业基因组学等研究领域占据世界前沿。2019，2020，2021连续三年自然指数排名全国农业类科研院所第一名，多项成果入选“‘十三五’农业科技十大标志性成果”“中国生命科学十大进展”“中国农业科学十大进展”。先后获得“何梁何利基金”奖、“周光召基础科学奖”“深圳经济特区建立40周年创新创业和先进模范人物”“深圳市市长奖”等奖励。

基因组所联合深圳市相关部门提出了“深圳国际食品谷”，规划已得到市政府印发，将构建农业食品产学研协作生态，做出科技推动农业食品产业转型升级的先行示范。