近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所农业微生物组学与营养健康创新团队推出全新开源工具EasyAmplicon第2版，新版本在保留短读扩增子分析功能基础上，全面支持第三代全长扩增子测序数据分析，并优化了可视化功能，为微生物分类和定量研究提供更简单、易用的分析环境，现已免费开放使用。相关研究成果发表在《先进科学（Advanced Science）》上。
扩增子测序是解析微生物群落多样性的关键技术。传统短读测序仅覆盖基因片段，分辨率有限。长读长测序技术可获取全长基因序列，提供高分辨率，但缺乏标准化分析流程。
为此，研究团队开发了适用于全长微生物组扩增子测序的分析流程，EasyAmplicon 2.0可实现自动化分析，涵盖质控、去噪、分类注释等步骤，支持SILVA、GTDB等主流数据库，并可生成30余种可视化图表。测试显示，在双核处理器环境下，2小时内即可完成2万条读长的样本分析，适用于从探索性研究到大规模队列的全流程需求。
该研究得到国家自然科学基金、中国农业科学院科技创新工程等项目资助。（通讯员 马昕怡）
原文链接：https://doi.org/10.1002/advs.202512447
