流感病毒是重要的人兽共患病原。该项目对2009年全球流感暴发的新型H1N1流感病原2009/H1N1、H5亚型禽流感病毒以及2013年新发H7N9流感病毒开展了系统的病原学研究，取得重要进展。该项目发现活禽市场中存在的H7N9病毒是人感染该病毒的主要来源；H7N9病毒对家禽无致病力，可在鸡群中无症状复制和传播，可识别人的呼吸道上皮细胞的α-2,6受体，在人体内复制过程中极易获得PB2基因627位或701位氨基酸的突变，这些突变增强H7N9病毒对人的致病力和在人之间的传播能力。发现2009/H1N1病毒在人群间高效传播的关键遗传基础，并系统揭示2009/H1N1病毒和H5N1病毒重组后有可能产生严重威胁公共卫生的后代病毒。发现自然界中的H5N1病毒持续变异，并揭示了决定H5N1病毒对其自然宿主鸭致病力增强关键基因和相关机制。这些发现为科学认知禽流感病毒做出了贡献,为禽流感防控策略的制定和防治剂的研发提供了理论依据。支持上述发现点的8篇代表论文分别发表在Science（2篇）、EID（1篇）、JVI(4篇)和Chinese Science Bulletin(1篇) 累计被他人引用400次，其中SCI论文他引332次，引文期刊包括Science，Cell，Lancet，PLoS Medicine，PLoS Pathogens及JVI等。