针对黄瓜遗传育种中的重大科学问题，发现了黄瓜基因组和染色体演化特征，揭示了黄瓜种群遗传变异规律，并阐明了黄瓜性别决定、卷须和果皮浅绿形成的分子机制。共发表了包括Nature Genetics、Plant Cell、PNAS在内的10篇重要论文，被SCI引用1010次，SCI他引885次。该发现为重要蔬菜作物黄瓜的基因组演化和农艺性状生物学研究做出了开创性贡献，为黄瓜种质资源的育种利用提供了理论框架，实现了我国蔬菜基因组学研究的跨越发展。