水稻纹枯病不论是发生频率、发生面积还是危害造成的损失均居水稻各病害之首。由于缺乏抗源材料，抗纹枯病育种进展缓慢，生产上种植的品种（组合）多为感病或高感。纹枯病防治主要依靠农药制剂，长期使用单一制剂存在抗药性风险。过去我国纹枯病研究力量分散，未组织过全国性的联合攻关，全国无统一的鉴别寄主、鉴别菌株，也无统一的评价技术和操作规程，各地同行的研究结果无法比对。中国水稻研究所联合中国农业大学、扬州大学、浙江大学等国内多家著名大专院校、科研院所专家、学者，经多年合作研究，取得了重要成果。
　　项目组研制并规范了“温室苗期”和“大田成株期”水稻抗纹枯病鉴定的操作技术规程及评价标准；确定了5个水稻品种、5个纹枯病菌为鉴别寄主和鉴别菌株；为深入研究和利用纹枯病菌-寄主相互作用机制提供了基础技术平台。鉴定了10多个省的3428份水稻品种的纹枯病抗性，测定了1280株纹枯菌的致病力。获得了2份对纹枯病抗性较好的种质ZH5和YSBR1，精细定位了2个抗纹枯病数量性状位点qSB-11LE和qSB-9Tq，开展了分子标记辅助育种，获得进入品种区域试验的抗性改良系，抗纹枯病遗传育种研究取得重要进展。发展和完善了“作物纹枯病菌快速、简便分离技术”，初步建立了水稻纹枯病菌的遗传转化体系，完成了基因组部分序列的测定与分析，阐明了水稻纹枯病菌的遗传变异特征，为纹枯病菌功能基因组学研究、致病相关基因的生物学功能鉴定与寄主互作的机理研究等奠定了基础。获得了一些受水稻纹枯病菌诱导表达的基因，水稻抗纹枯病机理研究取得了进展。进一步明确了纹枯病发病规律：病原菌的侵染方式、田间小气候的湿度是病情发展的关键制约因素，不同耕种方式（手插秧、机插秧和直播稻）对田间纹枯病的发生有重要影响。通过试验、示范，研究集成了以“抗（耐）病品种、栽培方式、水肥管理、低毒农药”相结合的多套水稻纹枯病可持续综合防控技术，在多省大面积示范、应用，取得了很好的经济、社会和生态效益。