本项目以动物重要寄生虫作为研究对象，应用线粒体基因组学、比较基因组学、分子分类学、分子系统发育学等研究手段，首次解码了动物30多种寄生虫的线粒体基因组，阐明了其基因组碱基组成、结构和排序等特征。通过比较线虫线粒体基因组的结构和排序，发现多种线虫线粒体基因组存在显著重排现象。基于线粒体基因组编码蛋白质的氨基酸序列，厘清了人和猪毛首线虫、欧氏对盲囊线虫、双腔吸虫、片形吸虫、血红扇头蜱等多种寄生虫的分类混乱问题。研究结果不仅丰富了寄生虫线粒体基因组数据，而且为寄生虫的群体遗传学、分子分类学、系统发育学、分子进化等研究及诊断、检测提供了新的遗传标记，具有重要的科学意义及应用前景。

　　项目的研究成果发表在PLoS Neglected Tropical Diseases、BMC Genomics、Molecular Phylogenetics and Evolution等学科国际主流刊物；共计发表SCI论文22篇，其中5篇代表性SCI论文被《Clinical Microbiology Reviews》、《Annual Review of Microbiology》和《Nucleic Acids Research》等国际顶尖级及主流SCI期刊他引129次。本项目的研究成果产生了较大的国际学术影响，引领了相关研究领域的国际前沿。