本项目针对我国特种动物种质资源家底不清、保存和评价不规范，许多珍稀动物资源由于栖息地受到破坏及滥捕滥猎而处于濒危状态，种质资源共享和原始创新利用率低等问题，系统开展了特种动物种质资源挖掘、保护及高效利用研究。揭示了我国特种动物种质资源的分布规律，建立了特种动物种质资源的安全保存、系统评价、有效利用等综合技术体系，为特种动物遗传资源保存、新品种培育，特养业可持续发展提供理论创新与技术支撑。

　　创建了世界上最大的特种动物基因库，首次对我国特种动物遗传资源进行系统的整理，整合了我国农业、林业、教学科研3大领域特种动物种质资源，涵盖鹿类动物、毛皮动物、特禽及其它类动物共509个品种（类型），抢救性保护与安全保存22种野生资源，保存量占国内同类资源的75%。首次开发出一套特种动物种质资源网络数据库及信息检索系统，实现了全方位信息数据与活体资源的共享。

　　首次制定了特种动物遗传资源整理整合、鉴定评价、安全保存、共享服务等技术规程（规范）66个，包括1个共性描述规范、29个个性描述规范，29种特种动物种质资源的描述标准、2项鹿类动物种质资源活体异地保存技术规范、5项特种动物资源收集技术规程等。对初步筛选的48个特种动物品种（类型）优异基因进行评价和主要经济性状相关候选基因挖掘研究，突破了资源利用率低的技术瓶颈。

　　采用二代和三代测序结合策略，完成了中国梅花鹿全基因组测序和组装，共测序244.6G 数据，得到clean 数据242.9G，覆盖基因组93X。通过kem r分析，估计梅花鹿基因组大小2.6G，对梅花鹿基因组雄鹿进行二代测序，共测序149.9G 数据，得到clean数据142.0G ，覆盖基因组55X，筛选得到梅花鹿Y染色体的序列信息。基因组共注释21079个基因，完整度94%，使我国梅花鹿成为世界上第一个全基因组测序的鹿种。

　　创建了茸鹿、毛皮动物多基因聚合育种技术体系，培育出四平梅花鹿、清原马鹿、明华黑色水貂、名威银蓝水貂等性能突出的新品种4个，利用保存的遗传资源培育特种动物新品种（配套系）12个。新品种市场占有量约占国内养殖总量的50% -80%，改变了我国特种动物“无良种”局面，推动特种动物饲养业健康发展。