（1）构建了全球数量最多、覆盖范围最广、信息量最大的芝麻种质库，为育种和产业发展提供了战略资源。广泛收集整理覆盖全国30个省市和世界五大洲芝麻种质7910份，制订138项描述规范，编目300645条，精准鉴定耐湿抗病品质55435项次，发掘出优异种质452份，创建了首个芝麻核心种质。

　　（2）率先完成全基因组测序，破解了遗传密码，构建了首个芝麻基因信息库，引领了芝麻种质由表型鉴定向基因组信息研究的跨越。探明了基因组结构，注释基因27148个，构建了首张精细物理图谱，大规模重测序获得540万个SNP变异位点，公开数据量819.3G，占同类报道的90.3%，创建芝麻基因组、变异组和功能基因组3个共享大数据网站，搭建了基因信息应用平台。

　　（3）发掘出一批重要农艺性状主效QTL和新基因，实现了芝麻全基因组精准发掘和分子育种技术重大突破。开发全基因组SSR标记7200个，构建了首张高密度遗传图谱，首次发现SiPPO、SiNST1和LTP1基因调控含油量的新机制，发掘出耐湿抗病高油高产主效QTL 77个、新基因46个，突破了芝麻分子育种的技术瓶颈。

　　（4）利用优异种质和功能标记育成芝麻新品种97个，占同时期全国的74%。其中项目育成的耐湿抗病高油高产17个新品种，在江淮和黄淮主产区累计应用7625.2万亩，覆盖两大产区65%，创社会经济效益93.3亿元。

　　项目发表论文57篇，其中SCI 21篇，获发明专利4项，专著4部，在Nat. Commun.和Genome Biol.发表的论文，为迄今芝麻领域影响因子最高，单篇最高他引124次，破解了芝麻优异亲本匮乏、制约育种效率和技术进步的难题，推动了芝麻产业发展和行业科技进步,使我国跃居本领域国际领先行列。