针对新疆棉区黄萎病日趋严重，缺乏高产稳产品种，品种易退化等问题，历经22年攻关，在棉花种质创新、品种选育等方面取得重大突破：

　　1．高产、稳产。两年国家区域试验结果，在国家棉花区试和生产试验中，霜前皮棉平均亩产分别为119.1kg、114.0kg，分别比对照（当年推广应用面积最大品种）增产17.2%和26.3%，均达显著水平，居参试品种第1位。2012年兵团第二师33团种植1000亩，实收子棉平均达619.7 kg/亩，创造了我国千亩成片种植棉花亩产子棉超过600 kg的最高记录。在8个年度的西北内陆国家棉花区试中稳定性中5年第一。

　　2. 铃重与衣分协同改良有新突破。两年国家区域试验结果，中棉所49的铃重与衣分平均6.1g和41.8%，在我国80余年来累计推广500万亩以上的59个主栽棉花品种中，铃重和衣分同占高位(铃重6g以上、衣分41%以上)的只有中棉所49，在美国近20年来国家区域试验的16个对照棉花品种中，铃重没有超过6.0 g的品种。在全国得以大面积推广的20个国家棉花区试对照品种的铃重与衣分相关分析中，中棉所49的简单线性回归斜率绝对值显著低于其它19个品种，凸显了中棉所49铃重与衣分负相关的明显降低。

　　3. 建立了优良异缘亲本的选用与交叉选择相结合的育种方法。中棉所49的双亲(中棉所35和中51504)分别具有丰产和优质多抗特点，但因分别含有野生种质和海岛棉种质，后代分离严重。交叉选择是在低代多点进行，且规模较大，促使终选的高代材料融合并保留了互补的优势性状。

　　4. 研发了棉花品种DNA分子鉴定技术，并率先应用于中棉所49真实性鉴定。利用40对核心SSR引物，构建了中棉所49标准DNA指纹图谱，结合 “大群体自交”和“全程精控”等技术，有效保障了中棉所49的品种种性，使中棉所49标准样品位点纯合率维持在100%，成为目前国内生产上大面积推广种子质量最好的棉花品种之一。

　　该品种同时作为产棉大省(区)和国家两级品种区试的对照品种年限最长，作为国家推荐的主导棉花品种的年数最多，累计推广应用面积达到7118.5万亩，新增利润87.1亿元。2013－2015年推广2650万亩，新增利润32.5亿元。