本项研究选用覆盖整个水稻分子遗传图谱的160个随机DNA片段探针，检测了21个水稻广亲和品种、3个籼型和3个粳型测验种之间的遗传变异性。评价了籼粳型测验种的典型性和代表性，分析了广亲和品种和测验种之间的亲缘关系。根据分子进化遗传学的公式设计计算机程序，计算遗传距离并构建了亲缘关系的树状图。本研究筛选出24个籼粳特异性限制性片段长度多态性(RFLP)标记，还以重复顺序探针研究了广亲和品种的DNA指纹。通过连锁分析，在三交群体(Pecos／南京11／／秋光)中将水稻广亲和基因Sⁿ₅和一个控制籼粳杂种F₁生育期的基因E－4(t)定位于第6染色体。并且在第12染色体首先发现了一个新的
广亲和座位，它对结实率的作用与Sⁿ₅是累加的。
　　本研究结合杂交研究实际，首次利用RFLP分子标记对水稻广亲和品种进行了系统、深入的分析并定位了二个基因，为水稻广亲和性利用中亲本的选配及亚种间杂种优势的利用提供了指南，为RFLP分子标记在水稻育种中的应用奠定了基础，是一项具有广泛应用前景的基础性研究。