一、改革总体目标
全所按现代企业制度的要求，对下属公司进行改制；将研究所建成投资主体多元化的股份公司或有限责任公司。
二、所属企业改制
按照《公司法》将研究所下属的农业部沼气科学研究所科技开发公司、农业部沼气科学研究所环保能源设计所、四川环保能源设备厂、成都环能国际合作公司分别改制为有限责任公司或组建成一个科技开发有限责任公司。研究所投入总股本的10%-30%，其余股份由本所在岗职工投资入股。对改制确有困难的所办企业，按照《公司法》的程序予以注销。后勤服务工作与技术创新、开发工作剥离，实行以承包为主的管理模式。
企业实行所有权与经营权的分离。企业的总经理、经理等高层管理人员由董事会招聘，其余员工由总经理或经理按董事会授权范围招聘。
三、技术创新工作
1、保留一支由20-30人组成的技术创新队伍。根据技术创新能力和水平、争取项目能力、项目执行和管理能力、成果转化能力等多方面的综合素质分等次确定创新岗位人员的保底工资。保底工资实行浮动制。另外，个人收入与其经济创收和技术创新状况挂钩。
2、加强科技创新工作。从2003年起，每年拿出创收毛收入的5%-10%用于技术创新和新产品开发。2003年2月份以来，研究所每月开展一次创新项目评审活动，支持很快可以转化的应用性研究项目或重大课题的前期研究工作。目前，全所申报研究项目14项，经过评审支持了6个。
四、调整工作重心，切实为全国沼气发展服务
为适应全国沼气大发展的形势需要，集中骨干力量围绕农村沼气开展技术和产品的研究与开发。成功研制了沼气发酵添加剂、商品化玻璃钢沼气池、秸秆气化炉、沼气发电、禽畜集约化养殖厂大型沼气工程设计和装置安装及调试一体化等技术，初步形成了产业基础。已在成都市近郊购买土地近50亩建立研究开发示范基地，为今后科技企业的发展提供支撑。
五、适应转制需要，加强工商管理人才建设
继去年选送6名职工到四川大学管理学院攻读工商管理MBA和DBA之后，今年又选送了5名职工学习。同时建立和健全营销机构，有效地利用社会市场信息、物流、人才和资金等资源，采用多种形式的联合和合作方式，逐步在全国建立市场营销网络，提高本所技术产品在全国市场上的覆盖面。
六、改企工作进度
第一季度，学习有关体制改革文件精神，统一思想认识；制定转企的实施方案，研究制定由事业单位管理向现代企业运行机制转换的各种规章制度；筹建生产基地。
第二季度，按照《公司法》的要求起草科技企业章程，进行资产、债权、债务的全面清理和资产评估，并填报《国有资产评估项目备案表》；完成企业名称申请预先核准，申办企业国有资产产权登记；进行股本设计等改制的相关工作；重新调整内部组织结构；完善和充实人事劳动制度和内部分配机制改革，实现由事业单位管理向现代企业运行机制管理的转换。
第三季度，办理有关职工养老保险等手续和国家对科技企业扶持政策的相关手续。
第四季度，在工商行政管理部门进行企业注册登记，申办企业代码证书，开立“农业部沼气科学研究所”的企业银行账户，办理税务开户登记，正式按照现代企业的机制运行。