学科建设是世界一流现代农业科研院所建设的基础战略工程，是引领技术创新与全面综合发展的主线，加强学科建设是明确科技创新发展方向和提升发展速度的有效途径。“十二五”期间，我院将构建学科体系作为体制机制创新的切入点和建设发展规划的基点，学科建设在促进院所科技发展中发挥了至关重要的指引作用。
    强化顶层设计，构建独具特色的三级学科体系。围绕国家重大需求和科技发展前沿，遵循农业科技发展规律，根据“一流现代院所”基本特征和建设要求，立足战略定位、发展基础和优势特色，我院构建了以“学科集群－学科领域－研究方向”为框架的三级学科体系，形成了优势特色学科、交叉学科、新兴学科并存，应用基础研究与理论创新、关键技术研究与成果培育、技术成果转化与应用并重和协调发展的学科建设体系。三级学科体系独具创新性、专向性和产业导向性等特征，体现了国家级农业科研院所的职能定位、学科特点与发展需求，成为全院科技创新发展的主导，从顶层设计上解决了各研究所科研方向分散重复的问题。学科建设以研究所为实施主体，以科研团队为实施单元，通过人、财、物的优化配置，实现全院“一盘棋”布局。
    “五位一体”推进，在实践中快速提升学科发展水平。我院认真调研分析了学科建设现状与问题，梳理提出了推动学科建设与跨越发展的工作思路和重大举措，不断创新学科发展机制，推动学科、人才、平台、项目、机制“五位一体”，真正实现各类科技资源围绕优势和特色学科聚集，不断培强优势学科，培优重点学科，培植新兴学科，整体提升全院学科发展实力。自2013年起，我院以三级学科体系为主线顶层设计并启动实施科技创新工程，各研究所根据全院整体的学科布局要求，不断明晰学科发展定位，主动调整学科结构，认真凝练学科领域和研究方向，打破课题组的界限，按照研究方向对科研力量进行优化整合，组建了各具特色和优势的学科团队，瞄准国家战略需求和农业科技发展趋势确定了科研选题，为院所发展奠定了坚实的学科基础。在学科体系框架下，谋划院所学科力量的优化布局，新建了农业基因组研究和都市农业研究相关学科方向，通过在西部农业研究中心、黄河三角洲现代农业科学研究院等布局重点学科，逐渐进行学科力量的区域性调整和转移。同时，我院大力加强学科发展战略研究和学科评价工作，研究各学科发展形势与需求、思路与目标、趋势与前沿热点、方向与任务，并建立了符合我院学科特点的评价方法，以学科集群和学科方向为单元，重点评价学科发展现状、优势与不足，提出发展对策和措施建议，促进提升学科发展水平。
    谋划学科高地，进一步提升现代院所学科优势。针对“十三五”基本建成世界一流院所的战略目标，我院及时把握世界科技发展前沿，紧紧围绕现代农业发展新形势、新特点和新需求，谋划提出了打造优势学科高地和卓越团队的发展战略。立足院学科建设体系，通过学科带头人及团队、研发方向、科研成果、学术交流、创新文化等要素的集成提升，建设若干“世界级农业科学中心”和“国家级农业科学技术中心”，使之成为重要学科领域的“领跑者”、新兴学科方向的“开拓者”和服务产业需求的核心科技力量；打造一批“国际知名创新团队”、“国内领先创新团队”和“行业特色创新团队”，使之成为“世界级农业科学中心”和“国家级农业科学技术中心”的核心支撑。通过学科高地建设，整体大幅提升我院的自主创新能力和核心竞争力，强有力引领现代农业发展。