一、改革总体目标
　　通过优化结构、联合重组、分流人员、转变机制，将研究所建成学科设置合理、队伍精干、创新能力强的新型畜牧科技创新国家队。
　　二、改革的重点
　　（1）进行学科调整、机构重组和人员分流；（2）改革研究所内部人事管理制度和分配制度；（3）精简管理人员，实行全员聘用制，加强任期考核和任期目标管理；（4）选拔和培育优秀学科带头人，发展在国内外有影响的优势学科，提高畜牧科技创新水平，加快畜牧科技进步；（5）促进科技成果转化，增强科技产业化发展能力。
为保障改革的顺利实施，畜牧所在广泛调查研究的基础上，组织起草了《中国农业科学院畜牧研究所科技体制改革方案》和与之配套的8个管理办法。这些办法现已经全面实施。
　　三、职能部门设置
　　行政管理以转变职能、精简机构和人员、提高管理水平和工作效率为目标，对管理部门进行调整合并，撤消原有的4个职能部门，成立综合处、科技处。调整后处级干部、管理人员均减少一半。
　　后勤服务中心、昌平基地按照事企分开原则，以面向科研、面向社会、增加生产经营服务项目、提高服务质量为目标，逐步实行自负盈亏、自我积累、自我发展的企业化管理。
　　四、科技创新
　　撤消了原有的5个研究室和1个分析中心，成立4个重点学科群，即：动物营养与饲料学、动物遗传资源与育种、动物生物技术与繁殖和草业，每个学科群聘任一名首席科学家；将原有的33个课题组合并重组为18个没有行政级别的研究室；组建分子生物学实验室、畜牧信息中心、分析中心3个科技创新平台。
科技创新岗位设置：固定岗位84个，流动岗位24个。
　　五、产业发展
　　将具有开发能力的课题组从研究岗位剥离出来，成立具有独立法人资格的股份公司或有限责任公司。
　　科技创新岗位的人员不再从事生产、经营产品类的开发，其研究成果采用转让、委托、技术入股等方式交给畜牧所控股公司或以合作方式合作经营。
　　研究所的企业依照章程组建董事会、监事会。所对控股公司的管理由过去的事权关系转为产权关系，以产权为纽带，委任董事长并依据章程分配的名额委任董事、监事，并通过董事长、董事、监事对企业实施监管，实现管理体制上的事企分开。
　　研究所通过全资公司——中畜阳光科技公司对新成立的2--3个公司实行控股。通过提供统一品牌、统一生产许可证、统一财务服务进行监管。新成立的草业分公司畜牧所控股60％、职工控股40％，重组后的北京华谷生物营养科技发展有限公司畜牧所控股80％、职工控股20％。
　　六、人事制度和分配制度改革
　　在人事管理方面，根据“公开、公正、公平、竞争、择优”的原则，全面实行聘任制。将过去分配上岗改为双向选择、竞争上岗，将身份管理改为岗位管理，把职工与单位的固定关系变为聘用关系。实行固定岗位与流动岗位相结合的用人制度。目前，各种岗位竞聘上岗工作已全部完成。
　　在分配制度方面，贯彻责权利相统一的原则，改变工资构成和发放办法，加大岗位工资、绩效工资的构成比例，使工资与岗位职责、工作业绩、经济效益紧密相连；不断增强分配上的公正性和激励作用，逐步建立起重业绩、重贡献、重管理和向重点岗位、优秀人才倾斜的分配激励机制。改革后，职工岗位、绩效工资的比重已超过全部工资的50%。今后随着改革的深入，岗位和绩效工资比例还会进一步加大。