由蔬菜花卉所承担的“农业部蔬菜质量安全监督检验中心建设项目”( 农计函[2005]272号)，于 2009年5月5日通过了农业部发展计划司委托中国农科院基建局组织的专家验收。该项目是农业部“全国农产品质量安全检验检测体系建设规划”中第一批实施的项目，也是整个农业系统质检体系建设首个通过验收的项目。
　　农业部农产品质量安全监管局曾庆处长到会指导，院基建局徐欢副处长、财务局谢惠娟会计师主持并参加了验收会。验收专家组听取了项目执行情况汇报，审阅了相关资料，查验了购置的仪器设备现场，并就有关问题进行了质询。经过认真审议，专家组一致认为：该项目完成了仪器设备购置计划；研究所按照《农业基本建设项目管理办法》,成立了项目领导小组，严格执行基本建设项目的管理制度，仪器设备采购执行了公开招标程序，资金使用符合有关规定；项目管理规范，档案资料齐全；同意通过验收。
　　该项目总投资1665万元，购置了液相色谱串联质谱联用仪、GPC－气质联用仪和等离子发射光谱-质谱仪等仪器设备110台（套），改造实验室600 m2。截至2008年6月，各类仪器设备全部到位，安装调试完毕，并在2008年奥运会期间承担蔬菜质量安全监督检测任务，运行良好，达到了预期的建设目标。
　　该项目的实施，使蔬菜质检中心的仪器设备在全国农业系统处于领先水平，这必将大大增强质检中心的检测能力，进一步提高检测水平，促进检测方法的研究和标准的制修订工作,同时为科研单位和社会提供高质量、快捷的分析测试服务。