2013年，在财政部、农业农村部大力支持下，中国农科院启动实施科技创新工程。主要目的是，通过机制创新，撬动院所发展活力，增强原始创新能力，为全国农业科技体制改革提供可鉴经验；通过稳定支持团队攻关，解决制约我国现代农业发展的科学和技术问题，驱动农业农村现代化，充分发挥中国农科院改革排头兵、创新国家队、决策智囊团的作用。

　　中国农科院把创新工程作为体制再造、机制再造的一号工程，大刀阔斧深化内部改革，调整优化学科布局，加大人才引进力度，完善科研支撑条件，深化国际交流合作，稳定支持科研团队持续攻关，科技创新和院所建设取得长足进步。

　　2018年创新工程实施已经满5年，为深入贯彻落实新时代新要求和习近平总书记贺信重要指示，系统总结创新工程实施经验与成效，引导全院发展方向更加聚焦“三个面向”，加快建设“两个一流”，在财政部、农业农村部的指导下，中国农科院开展了创新工程5年考核与全面推进期中期评估工作。从外部专家评估意见和定量数据对比分析可以看出，5年多来，全院精神面貌焕然一新，院所发展定位更加聚焦，创新能力全面增强，创新效率大幅提升，创新成果不断涌现，对全国农业科技的引领能力不断提升，为深化全国农业科技体制改革探索了新路径。

　　体制机制创新取得突破性进展。顶层设计三级学科体系，建立以科研团队为单元的科研组织模式，以长期稳定支持为特征的科研投入机制，分期分级绩效考评机制，重大科技问题协同攻关机制，束缚创新的体制机制逐步破除，全院公益性定位更加明确，创新热情得到激发。体制机制创新实践，为国家农业科技体制改革和现代院所建设探索了道路，发挥了先行先试的作用。

　　创新能力大幅提升。实施人才强院战略，从美国康奈尔大学、德国马普学会等机构引进青年英才220名，新培养以唐华俊、万建民、王汉中、陈化兰4位院士为代表的一批领军人才，人才保障能力有效提升。开展平台提质行动，构建“三级三类平台体系和四大类基地体系，平台支撑能力日益提高。深化国际合作交流层级，积极参与国际竞争，国际学术影响力大幅提升。牵头国家农业科技创新联盟建设，联合全国科研力量解决重大产业和区域问题，引领能力不断增强。

　　各项科研产出呈现量质双升态势。5年多来各类科技成果产出呈现良好发展势头。重大成果不断涌现。共获国家奖33项，同比增长22%，获奖数量约占农业领域的20%。2018年又获得8项国家奖，达到2000年国家奖改革以来的最高水平。共发表科技论文25690篇，其中SCI/EI论文10000余篇，是前5年的2.5倍。在Science/Nature/Cell主刊发表论文12篇，同比翻了一番，处于国内领先地位。品种、专利等成果翻倍增长。共审定农作物新品种638个，同比增长50%。获植物新品种权234项，同比增长270%。创制新农药、新肥料、新兽药94个，同比增长60%。获发明专利2931项，是前5年的3倍，其中获中国专利奖36项，占农业领域全国获奖总数的68%。预计到2020年，可超额完成全面推进期各项目标任务。

　　重大突破性成果加速涌现。面向世界前沿，取得了黄瓜苦味基因、水稻自私基因等多项领跑国际的原创性科学发现。面向国家重大需求，突破了大豆分子标记鉴定、黄曲霉毒素检测等一批关键核心技术，打破了国外技术垄断，为提高产业核心竞争力、促进健康可持续发展提供了有效支撑。面向农业农村主战场，创制了高产水稻“春优927”、优质强筋小麦“中麦1062”、瘦肉型北京鸭品系等一批具有国际领先水平的作物与畜禽新品种、绿色农业投入品，为促进农业绿色发展和提质增效提供了强有力的科技支撑。

　　创新工程是发动机、是播种机、是孵化器，为中国农科院跨越发展增添了新动能，为培育颠覆性技术和革命性成果播下了希望的种子，为加快出成果、出人才、出理论提供了崭新的环境与空间。下一步，中国农科院将按照习近平总书记“三个面向”重要指示和新时代新要求，深化体制机制创新，调整优化科研团队，加快科技创新能力提升与重大科技成果培育，更好支撑乡村振兴和农业农村现代化。