近日，《自然—遗传学》（Nature Genetics）在线发表了中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）研究员张兴坦团队的研究论文。该项研究通过对全球1325份茶树种质的基因组深度分析，揭示了茶树重要农艺性状和代谢性状的遗传基础，为茶树精准育种提供了重要理论依据。

茶园。中国农科院供图

茶树作为全球广泛种植的非酒精饮料作物，其丰富的代谢产物（如茶多酚、咖啡碱等）赋予了茶叶独特的风味和健康价值。然而，茶树重要农艺性状和代谢性状的遗传基础尚未完全阐明，制约了茶树精准育种的进程。传统研究受限于样本量不足、遗传数据分辨率低等问题，难以全面解析茶树的遗传多样性和进化历史。

研究团队整合802份新测序与523份公共数据，构建了迄今最全面的茶树基因组变异图谱。结果发现，中国西南地区是茶树的起源与驯化中心，并首次提出古代栽培茶树是野生种向现代栽培种过渡的关键证据。

通过群体遗传分析，揭示了茶树与其近缘种的遗传分化、进化瓶颈及种间基因渗入现象。通过全基因组关联分析，团队定位了数千个与叶片形态和代谢物性状显著关联的候选基因。研究还系统评估了有害突变对茶树环境适应和风味物质改变的影响，发现超过1.4万个有害突变基因，为分子标记辅助选择育种扫清障碍。该研究对推动茶树育种进程具有重要指导价值。

基因组所（大鹏湾实验室）副研究员孔维龙、博士后夏中强、博士后李晓锋以及福建省农业科学院茶叶研究所助理研究员孔祥瑞为论文第一作者。张兴坦和福建省农业科学院茶叶研究所研究员陈常颂为论文通讯作者。

该研究得到了“5511”协同创新项目、广东省重点领域研发计划、深圳市科技计划、国家茶产业技术体系项目、福建省公益项目及国家自然科学基金等项目的资助。

相关论文信息：https://doi.org/10.1038/s41588-025-02135-z