近日，《分子园艺》（Molecular Horticulture）在线发表了中国农业科学院郑州果树研究所桃遗传育种团队的文章。该文报道的PeachMD数据库（http://www.peachmd.com）首次集成桃基因组、表观遗传组、群体遗传变异及多维度表型数据，并深度整合CRISPR设计、GWAS分析等工具，为推动桃分子育种和功能基因组学研究提供数据支持。
桃果实表型多样性。中国农科院郑果所供图
随着高通量测序技术的快速发展和测序成本的显著降低，生物大数据呈现出指数级增长的态势。在桃的遗传育种研究领域，多组学技术的广泛应用催生了基因组、转录组、表观组等多维度、多层次的海量数据资源。这些数据的积累为解析桃的进化历程、挖掘重要性状的关键基因以及指导分子育种实践提供了前所未有的机遇。
然而，面对如此庞大且复杂的多组学数据，如何高效整合、深度挖掘并从中提取有价值的生物学信息，已成为当前研究者面临的主要挑战之一。这不仅需要强大的计算分析能力，更依赖于系统化的数据管理平台和智能化分析工具的开发与应用。因此，多组学数据库的建立成为推动桃遗传育种研究的重要基石。
PeachMD数据库涵盖了迄今为止最新和最全面的桃多组学资源库。数据库收集并整合了已发表的12个桃基因组（支持基因组间共线性分析）、329个转录组数据集（包括不同组织、不同发育阶段，支持FPKM/TPM/Read Count多维度表达谱分析）、102个全基因组亚硫酸氢盐测序（解析CG/CHG/CHH不同位点甲基化调控模式）以及1313个全基因组重测序数据（含13类关键农艺性状表型）。
数据库秉承全过程式的设计理念，通过CRISPR-GWAS联动，实现从基因挖掘到分子设计全流程覆盖。此外，PeachMD数据库还支持多模式检索，从基因ID、启动子、蛋白结构域等多维度查询，一键获取基因序列信息。集成的Gene LiftOver工具作为基因组数据分析的“桥梁工具”，方便不同基因组间的基因比较。
总之，PeachMD提供的多组学关联分析工具，能够揭示基因组变异-表观变异-转录差异协同调控网络，便于数据的利用。因此，它有望成为推动桃分子育种和功能基因组学研究的重要资源，为相关领域的研究提供强有力的数据支持。
中国农业科学院郑州果树研究所博士研究生李昂和助理研究员孙世航为论文第一作者，研究员曾文芳为通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金、河南省科技攻关项目、中国农业科学院科技创新工程、郑州果树研究所基本科研业务费等项目资助。
相关论文信息：https://doi.org/10.1186/s43897-025-00157-z
