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中美英等14国90所研究机构300多名研究人员奋斗10年

[科技日报]西红柿基因组测序终于圆满完成

发布时间:2012-06-01 |来源: 《科技日报》2012年6月1日|作者:王心见
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    本报讯 中美英等14个国家90所研究机构的300多名研究人员经过近10年的努力,完成了对人们常用食物西红柿的基因组测序工作。这项研究不仅为培育高产、美味、抗病虫害甚至能适应环境变化的西红柿打下基础,也有助于科学家增加对植物生长机制的了解。该研究成果成为5月31日出版的《自然》杂志的封面文章。

    西红柿是人们最常用的食物之一,2010年全球西红柿产量超过1.45亿吨,意大利人平均每年要吃16.5千克西红柿,美国人吃得更多。但西红柿基因测序也是一项具有挑战性的工作。植物基因组通常比动物基因组更大和更加复杂,测序难度也更高。西红柿有12条染色体,约3.5万个基因。西红柿基因组有约900兆碱基,比人类的四分之一稍多。

    跨国研究团队组成的“西红柿基因组联盟”从2003年开始进行西红柿基因测序,但一直到2008年仍进展缓慢,研究人员转而采用新的全基因组鸟枪测序法,这种方法把大的DNA片断拆开测序,然后再进行组装。研究人员对人工培育西红柿“亨氏1760”进行了精确测序,对它的近亲野生的“醋栗西红柿”的基因进行了大致测序,并对比了两者的基因序列,同时也把它们的基因同去年完成测序的土豆基因进行了对比。

    研究发现,“亨氏1760”和“醋栗西红柿”的基因之间只有0.6%的差别,而它们和土豆之间有8%的基因差别。研究还发现西红柿进化中经过两次基因组突然扩大现象:一次出现在1.3亿年前,基因变化在葡萄中留下痕迹;一次发生在6000万年前,这次基因变化给西红柿的进化带来了显著影响,变化产生的基因在西红柿基因组中蛰伏几千万年后开始发挥作用。

    《自然》杂志认为,西红柿基因组测序有三个重要意义。首先,它能帮助科学家了解西红柿甚至自然界的植物之间为什么会有巨大差别。西红柿属于茄科植物,而茄科植物属种广泛,从土豆到青椒有1000多种,比较它们的基因序列有助科学家了解它们的进化过程。第二,西红柿基因测序可以让科学家了解更多的植物生长基本机制,比如是什么基因使西红柿变红,人们喜欢红西红柿,但自然界植物中甚至在西红柿中红色并不常见。第三,了解西红柿基因组可以帮助科学家改进西红柿质量。比如不用转基因技术就改变西红柿的味道、储藏时间、抗病虫害性能等。

 

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