1999年以来，管辉先后担任中国农科院烟草所所长、党委书记，作为近三届领导班子的主要领导，他把职工的信任转化成工作的动力，把手中的权力当成肩负的责任，把为单位谋发展、为职工谋福祉作为第一追求，用自己的行动书写了无愧人生。
    1999年3月，农业部、中国农科院党组研究决定将管辉从蚕业所调回烟草所担任党政一把手。当时的烟草所连年亏损，临危受命， 管辉首先深入基层了解情况，从抓领导班子的团结入手，注重发挥班子成员的作用，协调成员之间的关系，形成有较强凝聚力和战斗力的领导集体。其次，他与班子成员深入研究，实施了机制改革的重大决策，从精简机构、运行机制、用人制度、分配机制、评价机制和管理机制等方面全方位、大力度地深化改革，从根本上扭转了被动局面。
    领导班子的团结和改革的成功实践给烟草所带来了极大的活力，职工的面貌焕然一新，科研、开发、职工收入均实现大幅度的增长。为了吸引更多人才，实现研究所的可持续发展，他又与领导班子成员一道谋划研究所的战略转移。2004年10月烟草所顺利从青州搬迁至青岛。
    搬迁青岛8年来，烟草所取得了翻天覆地的变化，步入了健康、快速的发展通道。科技创新方面，由烟草所参与规划、设计与实施的中国烟草基因组计划取得重大突破，绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱全面完成，并建成了全世界迄今为止最大规模的烟草突变体库，标志着烟草所在生物技术和功能基因研究领域已达到国际领先水平；成果转化方面，逐步形成了辐射范围广、服务功能全、务实高效的技术推广和科技兴农网络，工作范围涉及15个省（自治区），39个地区，每年技术服务和成果转化辐射烟区面积达1000多万亩（占全国烤烟种植面积的2/3），每年仅给烟农增加经济效益一项就近10亿元。研究所连年被评为中国农业科学院文明单位、先进基层党组织和青岛市文明单位、青岛市直机关先进基层党组织。
    作为青岛市政协委员，管辉通过多种渠道积极为青岛经济社会建设建言献策。他提出的“整合青岛科研单位力量、搭建交流合作平台、为蓝色经济区战略的实施和青岛的科技进步贡献力量”的建议得到了青岛市有关领导的高度重视和充分肯定。( 任川)