作物科学所建所四年来，在科研项目、条件建设和人才培养等方面取得了一定的成绩，近年来中央财政进一步加大了对农业科研的投入，在新的形势下，总结四年来的工作经验和教训，进一步探讨建所之初确定的研究方向、学科设置和人才建设的科学性，为适应国家的需求，研究所如何进一步凝练研究目标，加强人才、学科和科研条件建设等问题显得尤为必要，因此，作物科学研究所，于2007年11月17～18日，在北京召开了作物科学所发展战略研讨会。
　　庄巧生院士、董玉琛院士，作物科学所所领导、职能部门负责人、各系（中心）主任和有关专家共45人参加了本次会议，会议由作物科学所张保明书记主持，与会专家根据作物科学所的实际情况，对作物科学所的发展战略进行了广泛而深入的讨论，内容涉及学科发展、研究方向、研究任务、人才建设、科研成果、科研条件、学术氛围和文化建设等方面。
　　刘旭副院长应邀出席了会议并作了重要讲话。刘旭副院长分析了作物科学所的形势，强调了作物科学所在全院的地位和作用，作物科学所要在现有体制下进一步做好科学研究工作，要出材料和方法，要出理论和技术，要出成果和论文，要组织协调好全国科技攻关，为全国科技创新和产业发展做好服务。在今后5年的发展中，要进一步细化研究方向和任务，策划一批重大选题，动员全所力量进行重点突破；要形成一支稳定的科研团队，加强科技成果的集成，不断涌现新的科研亮点。最后，刘旭副院长希望作物科学所越办越好，成为全院的一面旗帜。
　　万建民所长在会议上做了总结，强调作物科学所要制定整体规划，坚持有限目标、长中近期结合，强化学科发展，在进一步强化四大作物和四大学科发展的同时，加强对杂粮作物的研究，发展大豆栽培学、蛋白组学和生物信息学，凝练科学问题，加强生物技术育种与常规育种的结合，进一步推进课题组的整合，在出高水平论文的同时要出大品种，尤其是广适应性和节水抗旱的品种。要建立科学合理的人员考核与评价机制，加强人才引进，建立人才培养管理机制和继续教育制度，完善课题组人才梯队，优化人才结构。要建立和完善作物技术平台、表型鉴定平台、基因型鉴定平台，转基因技术创新平台和作物科学试验站,建立和完善全国作物协作网。要加强成果的集成、凝练和申报工作，重点培育“中黄13” 、矮败小麦、分子育种、小麦新基因发掘、小麦品质鉴定技术、作物野生近缘植物种质资源考察收集及其利用等一批重大成果。要进一步完善管理制度，建立所内合作机制，重视科研管理和服务，推进网络文化建设，加强精神文明建设，创造良好的学术氛围；要进一步调整机构，创新管理，提高理财水平，增加职工福利；要加强所办公司的管理，提高运作和服务水平；全面提高作物科学研究的科技创新能力和国内外的影响力。