日前，中国农业科学院蔬菜花卉研究所研究员黄三文申报的“蔬菜种质资源与遗传育种学”项目获2012年国家杰出青年科学基金资助。
    黄三文主要从事蔬菜基因组和分子育种研究，致力于利用基因组学推动黄瓜等主要蔬菜的分子设计育种。2007年参与发起和组织国际黄瓜基因组计划，任计划首席科学家，利用新一代DNA测序技术成功地绘制黄瓜基因组序列图，重建了瓜类作物染色体进化的路径，发现了苦味物质生物合成的基因簇，相关成果在2009年以社论和封面论文发表在Nature Genetics上。担任国际马铃薯基因组测序协作组中方首席科学家，率领中方团队完成了单倍体马铃薯基因组测序，对国际协作组的成功起到了决定性作用，实现了从参与到主导的跨越，并初步阐明了双子叶植物菊形分支的进化路径、马铃薯自交衰退和薯块发育的基因组基础，相关成果在Nature上以封面论文发表，入选两院院士评选的2011年度世界十大科技进展新闻。在基因组序列图基础上，在黄瓜转录组和变异组等组学研究、正向遗传学体系构建、性状基因克隆与分子设计育种这三个方面取得了新的突破，在国际植物基因组学领域具有一定的影响。他参与组织了植物基因组进化会议（Plant Genome Evolution Conference  2011，荷兰阿姆斯特丹）以及国际茄科和葫芦科基因组2011年联会。2009年受邀在加州大学戴维斯分校、威斯康星大学做黄瓜基因组研究报告，2011年受邀在美国植物生物学家年会作了“新一代基因组学平台上的黄瓜生物学研究”的大会报告。