2006年3月2日至3日，作物科学研究所在重大科学工程报告厅召开了2005年度科研课题汇报暨科技成果表彰大会。会议旨在进一步加强国家项目的过程管理，扩大各课题组的交流与合作，促进重大科技成果的培育。全所中级以上职称的科技人员参加了大会，董玉琛院士和有关专家担任课题汇报评审委员。会议期间，科技部农村与社会发展司贾敬敦副司长到会并发表了讲话。
    33位课题负责人就本课题组的基本情况、承担课题情况、取得的重要进展（闪光点）和2006年工作重点等进行了报告。报告内容涉及作物品种资源、作物遗传育种、基因工程与基因改良、作物栽培及信息农业等领域，涉及作物包括小麦、玉米、水稻、大豆、食用豆、杂粮等。评审委员们对任务完成情况进行了初步评价，并对各课题组存在的问题及发展方向提出了建议。出国6个月以上的访问学者也汇报了在他们国外期间取得的科研进展。
    万建民所长在开幕式上指出，新所成立三年来，在研究方向、科研条件和人才引进方面都取得了比较大的成绩，但是我们仍然要看到自己的差距，只有正视差距才有利于今后的发展。希望通过此次会议能够探讨五个方面的问题：一是我们的研究条件和软环境还需要怎样改进，包括学术氛围、风气和学风。二是研究队伍的建设能否适应形势的需要，诸如课题负责人喜欢留自己的博士生、硕士生，这种“师傅带徒弟”的方式有何利弊，还需不需要引进高水平人才。三是研究方向和内容还需不需要调整。四是我们与兄弟所的差距在哪里，尤其是在品种培育和社会效益方面的差距。五是成果评价的方式问题，虽然目前的评价体系仍发挥着重要的作用，有没有更好的评价方式。同时希望没有排上名次的课题组认真地反省，把成绩和不足总结出来。
    在大会总结时万建民所长指出，与两所合并以后第一次课题组汇报相比，我们的进展很快，进步很大，研究水平提高了，产出在不断地增加。在国际刊物上发表的论文数量和质量都在增长，我所2005年度的论文奖励比2004年度翻了两番多，但是品种的奖励增幅不大。就课题组而言，整体情况变化不大，但黎志康、李立会、邱丽娟等课题组的进步很快。我们以后要进一步完善奖励政策，把基础性工作纳入奖励范围。董先生讲过一句非常精辟的话：我们要把最简单的工作做出最高的水平。
    万所长强调指出，每个课题组今后的工作都要考虑突出特色、社会和科学的需求。要进一步引进人才，加强人才培养，45岁以下的课题组组长全部要有博士学位，要把主持自然科学基金项目作为科研人员晋升副研究员的条件之一。
    万建民所长最后指出，我所的研究条件与国际水平相比还有很大差距，特别是在小设施的配套上，希望大家能够提出一些合理化的建议，把我们的研究条件进一步改善好，力争两年内把国家植物分子育种工程中心建设起来，形成一个完整的研究平台体系。要培育重大品种、重大成果，同时建立良好的学科交融和学术风气，树立信心，把我们所建设得更好。
    汇报会后，对2005年度在科技成果获奖、科技论文发表和新品种选育等方面作出突出贡献的课题组进行了表彰。2005年度获得科技论文奖前三名的课题组分别是贾继增、何中虎和万建民课题组；获得新品种奖的课题组分别是刘秉华、赵开军、韩粉霞、黄长玲和王天宇课题组；人均科研成果前三名的课题组分别是何中虎、万建民和贾继增课题组。